这是一首咏史词。该词通过描写古庙青嶂，行宫妆楼等景色，流露出词人对自然永恒而人世无常的感慨。
《巫山一段云》，当和《巫山女》、《高唐云》一样，受宋玉《高唐赋》的启示而咏巫山神女的故事。《教坊记·曲名》已予著录，足见早在盛唐就已流行于世。宋黄升《唐宋诸贤绝妙词选》卷一，李珣《巫山一段云》词二首下，注云：“唐词多缘题，所赋《临江仙》，则言仙事，《女冠子》则述道情，《河渎神》则咏祠庙，大概不失本题之意，尔后渐变，去题远矣。如此二词，实唐人本来词体如此。”这首歌辞缘题发挥，保留了早期词的特色。
起拍“古庙依青嶂，行宫枕碧流”。古庙，指巫山下供奉神女的祠庙。陆游《入蜀记》卷六：“过巫山凝真观，谒妙用真人祠。真人即世所谓巫山神女也。祠正对巫山，峰峦上入霄汉，山脚直插江中。……十二峰者不可悉见。所见八九峰，惟神女峰最为纤丽奇峭。”祝史（道观主事）云：“每八月十五夜月明时，有丝竹之音往来峰顶，山猿皆鸣，达旦方渐止。庙后山半有石坛，平旷，传云夏禹见神女授符书于此。坛上观十二峰，宛如屏障。”行宫，犹离宫，帝王出京临幸的宫室。这里指楚灵王所筑细腰宫遗址。《入蜀记》卷六：“早抵巫山县，……游楚故离宫，俗谓之细腰宫。有一池，亦当时宫中燕游之地，今堙没略尽矣。三面皆荒山，南望江山奇丽。”从舟中远望过去，仿佛神女祠偎依有如屏嶂的山峦，行宫以碧水为枕藉。古庙、行宫、山、水这些景点，一经词人用“依”、“枕”二字加以连缀，便构成了一个整体结构。
接着，用“水声山色锁妆楼”句。把人们的视线吸引到了“妆楼”。妆楼，指细腰宫里宫妃的寝殿，位于山水环抱之中。以少总多。这里着一“锁”字，给人以幽闭的印象，由此也就很自然地会联想到生活在这个“不得见人的去处”的宫妃孤寂难耐的心境；复以“往事思悠悠”收束上片，逗人遐想。
下片写舟中所感。开言紧承“往事思悠悠”写到“云雨朝还暮，烟花春复秋”，“云雨”、“烟花”既以自然之景喻岁月无情，匆匆流逝。又暗示昔日云雨之梦，烟花之景与时俱逝。语意双关，愁思萦绕。词人联想，无论是神女还是宫妃，朝去暮来，春秋交替，总会引起孤寂难耐之感。结句“啼猿何必近孤舟，行客自多愁”，词人抒写自己的感受：行客至此，不必猿啼已自多愁，以景结情，情景交融，意境悠远凄迷，情思低回留连。
全词表现出岁月流逝，世事变幻和“行客自多愁”的个人身世之感，将吊古与伤今结合在一起，以沉郁真挚的感情、曲折蕴藉的笔调抒发出深沉的今昔兴亡之感，完全摆脱了缠绵悱恻的“儿女之情”。