此诗意在“感叹”孔子的际遇。全诗以疑问入笔，表现出作者于孔子神像前谦恭行礼，心中感慨万千，口内喃喃自语的情状。作者着笔于“叹”“嗟”“伤”“怨”，写出了对己对孔子虽“叹”实“赞”之情，立意集于以“叹”代“赞”，既表达了自己对孔子一生郁郁不得志的叹息之情，又赞扬了孔子“明知其不可为而为之”的超凡脱俗的用世精神，发人深省。
此诗用典极多。首联“夫子何为者？栖栖一代中”即出自《论语·宪问》：“微生亩问孔子曰：‘丘何为是栖栖者欤？无乃为佞乎？’孔子曰：‘非敢为佞，疾固也。’”此句本是孔子的愤懑之言，孔子自称忙忙碌碌，并非逞口舌之长，只是痛恨世人顽固不化，才著书立说，教化世人。作者化用此典故，抒发了自己的无限感慨，像孔子这样的大圣人，虽终其一生于诸侯之间，劳碌不停，但最终也未能实现自己的理想，这是非常悲哀的一件事。作者的同情之心，一览无余。另一方面，孔子一生奔波劳苦，为的却是天下的苍生，虽屡遭误解，仍孜孜以求，这又是无比可敬的。因此这一句诗便高度概括了孔子一生的功绩和高贵品质，也表达了作者对孔子的景仰和钦服。
颔联承接上句，依旧是引用典故，赞叹了孔子的旧居，孔安国《尚书序》载：“鲁恭王坏孔子旧宅，以广其居，升堂闻金石丝竹之声，乃不坏宅。”写帝王诸侯想要扩建宫殿，也不敢妄动孔子的故居。表明孔子的功绩即便贵为王侯也望尘莫及，旨在高度评价孔子的尊崇地位。这里诗人借用此典故以孔子的旧邑故居因为其主人的威望，得以保存至今日，意在侧面说明孔子受后世万民的敬仰，故居尚且如此，何况孔子本人。含蓄、婉转地表达了自己对孔子的敬重之情。同时，在这里，诗人委婉地把帝王举止和孔子功绩结合起来，暗示读者自己也希望入孔子般，承载万民兴衰于双肩。
颈联是孔子的自伤之词，也是借用典故，借孔子自叹命运不济，生不逢时，政治理想难以实现，真实再现了孔子当年孤寂，凄凉的心境。《论语·子罕》中载：“子曰：‘凤鸟不至，河不出图，吾已矣夫！”传说凤凰现身，河洛图出，是象征圣王出世的瑞兆，然而孔子生逢春秋乱世，刀兵四起。诸侯们只关心自己的领土、霸权、兵力，没有肯行仁义的圣王，因此孔子自叹儒学之道没有用武之地，而自己这些致力于推行德政的人也如那只被愚人猎捕的麒麟一般，早晚要被这个穷兵黜武的时代所绞杀。“嗟身否”感怀身世，“伤麟怨”则叹息王道难行。这些都足以唤起了人们对孔子的深深同情和深切的感慨。也表明作者决意推行仁政，以告慰孔子泉下亡灵。
尾联既是孔子“昨日”的梦想，也是“今日”的现实，当然也可以理解为作者一直都有拜祭孔子灵位的梦想，终得实现。“两楹奠”出自《礼记·檀弓上》，本表示出祭奠礼仪的隆重与庄严，用于此，更意为后世对孔子的万分敬重，末句“与梦时同”又完全符合孔子生前梦见自己死后，灵柩停放在两楹之间的梦境。孔子不求生前得到大家的认同，只希望在自己死后，儒学能够得到弘扬，王道能够被人主推行，而今梦想成真，也算是对孔子辗转一生的弥补吧。诗人举目仰望，孔子的塑像正端坐在殿堂前的两楹之间，受人祭拜。作者满怀慰藉之情，祭拜于孔子的灵前，不论是叹惜、感伤，还是哀怨都深深地融入到了对孔子的“赞”中，以“与梦同”表达了自己对孔子梦想终于实现的欣慰之情，也表达了诗人对孔子的“明之其不可为而为之”这一用世精神终被广大人民所接受的肯定。
这首诗追述了孔子一生郁郁不得志的悲惨遭遇，反映了孔子令人悲叹的命运。为实现“郁郁乎文哉”的理想社会，孔子一生碌碌奔波，结果却无处安身，甚至被困陈蔡，险些丧命。但孔子始终没有背叛自己的道德信仰。纵使明知凤图难出，王道难行，明知自己必将如麒麟般惨遭捕杀，也要坚守道德的崇高，只为将来自己的仁义思想能够大行于天下，为苍生谋福，也就在所不惜。既表达了自己对孔子的深切同情，又赞美和褒扬了孔子。结合史料可知，唐玄宗对儒学确实非常推崇，因而他对这位儒学创始人的感情也是真实而深挚的。正是因为作者能把自己的崇敬融入到孔子的深致悼念中，才使得这首诗读来深切质朴，令人信服。
就艺术形式来看，这首诗句句用典颇有堆砌典故之嫌，且诗语质朴无华，在遣词造句上也并无推陈出新之处，算不上是上乘之作，但此诗所反映出的思想和胸襟在历代帝王之作中并不多见。这一点是值得肯定的。另外，悼念孔子所选择的视角十分准确也是一大成功之处。孔子一生生活复杂坎坷，此诗只选择他的栖遑不遇的一面，简单几言，就概括了孔子一生的大事。首两句是叹惜，三、四句是叹美，五、六句是再叹惜，后两句再叹美。全诗命意构思，严正得体。比及一般的咏叹之诗，颇显境界之大，立意之深。
诗题取第一句中的四个字，是李商隐诗中公认较为难懂的作品之一。诗歌看去内容散乱，解构松散，难以建立联系，然而若把握了诗人心理的变化，诗的脉络就不难发现。
这首诗打破时间与空间的顺序和逻辑联系，凭借心里直觉反映内心的微妙变化，跳跃性极强，但也显得晦涩难懂。李商隐的著名诗作《锦瑟》和《无题》（飒飒东风细雨来）都采用了这种方式进行结构，章法手法上都与《银河吹笙》相似。因此在解读上也十分相似。
首联写吹笙的环境，用暗示的手法，烘托凄凉景象。诗人在平明十分，徘徊在微冷的院落之中，满腹愁绪地遥望着银河，靠吹笙向上天传达自己的诉求。“怅”、“寒”、“冷”三字虽描写的是环境，却渲染了冷寂的氛围，暗示诗人内心的凄然。“银河”意象出现，诗人用以与自己的处境对比，暗示自己的处境尚且不如一年才能见一面的牛郎织女。诗人触景生情，使心境与环境融为一体，互相证明，互相沟通，流露出诗人内心的悲伤。
颔联记述了诗人吹笙的内容。“重衾幽梦”指夫妻生活美好和谐，尤如梦幻。李商隐虽仕途坎坷，却遇到了一位对他不离不弃的妻子，李商隐对她尊重、怜爱有加。然而妻子早亡，诗人悲恸欲绝。因此诗人在这里只能在回忆中回想当时种种过往，沉浸在梦幻的幸福与温馨中。但是诗人的美梦却被中断，现实无情地敲醒了诗人，美梦幻灭的诗人更为痛苦。他感觉自己就像窗外孤苦伶仃、通宵惊啼的雌鸟一般。李商隐始终处于幻想和现实之间，被梦想破灭的痛苦折磨着，内心失落而孤独。
颈联写眼前景物，虚实结合，全写景而落于情。诗人看到曾与妻子游赏的地方，不禁幻想当时的情景。月光温润如玉，像一片轻纱一样笼罩着台榭边的繁花，此时这些迷人的小花，应该在春雨的滋润下花繁叶茂了。然而就在此时，现实击败了梦魇，一阵寒风透过窗外，屋内红烛摇曳不定。透过布帘望向窗外，一片萧瑟，青霜带寒，凄凉至极。两句一扬一抑，先写夫妻间形影相随的温馨场景，进而寒风刺骨，将诗人从梦幻中拉回现实。他猛然惊醒，才念及斯人已去，空留断壁颓垣。在大起大落的对比中，传达诗人内心极大的思念与痛苦，虚实相映，不见斧凿，是真情流露。
尾联抒发诗人的梦想与执著。夜半时分，他像王子晋一样吹笙，不过是效仿湘灵，借音乐抒发内心矢志不渝的痴情，并不是要升仙。诗人连用两个典故。上句“缑山”取典汉刘向《列仙传》，该故事讲王子晋好吹笙，最终在缑山成仙。下旬“湘瑟”取典干钱起《省试湘灵鼓瑟》，诗题由《楚辞》中“使湘灵鼓瑟兮，令海若舞冯夷”中摘出。湘灵是舜的两个妃子：娥皇、女英在洞庭湖溺水死后成为湘水女神。两个典故的运用，表明了自己对爱情的执著纯真，感人肺腑。
此诗安排巧妙，看似散乱而实则严密。同时敢于打破常规，体现了诗人意识的流动和情绪的微妙变化。诗人多用对比手法，乐景哀景交替出现，渲染诗歌悲伤氛围，极其动人。
首联以曲折的笔墨写昨夜的欢聚。“昨夜星辰昨夜风”是时间：夜幕低垂，星光闪烁，凉风习习。一个春风沉醉的夜晚，萦绕着宁静浪漫的温馨气息。句中两个“昨夜”自对，回环往复，语气舒缓，有回肠荡气之概。“画楼西畔桂堂东”是地点：精美画楼的西畔，桂木厅堂的东边。诗人甚至没有写出明确的地点，仅以周围的环境来烘托。在这样美妙的时刻、旖旎的环境中发生了什么故事，诗人只是独自在心中回味，我们则不由自主为诗中展示的风情打动了。
颔联写今日的相思。诗人已与意中人分处两拨儿，“身无彩凤双飞翼”写怀想之切、相思之苦：恨自己身上没有五彩凤凰一样的双翅，可以飞到爱人身边。“心有灵犀一点通”写相知之深：彼此的心意却像灵异的犀牛角一样，息息相通。“身无”与“心有”，一外一内，一悲一喜，矛盾而奇妙地统一在一体，痛苦中有甜蜜，寂寞中有期待，相思的苦恼与心心相印的欣慰融合在一起，将那种深深相爱而又不能长相厮守的恋人的复杂微妙的心态刻画得细致入微、惟妙惟肖。此联两句成为千古名句。
颈联“隔座送钩春酒暖，分曹射覆蜡灯红”是写宴会上的热闹。这应该是诗人与佳人都参加过的一个聚会。宴席上，人们玩着隔座送钩、分组射覆的游戏，觥筹交错，灯红酒暖，其乐融融。昨日的欢声笑语还在耳畔回响，今日的宴席或许还在继续，但已经没有了佳人的身影。宴席的热烈衬托出诗人的寂寥，颇有“热闹是他们的，而我什么也没有”的凄凉。
尾联“嗟余听鼓应官去，走马兰台类转蓬”写人在江湖身不由己的无奈：可叹我听到更鼓报晓之声就要去当差，在秘书省进进出出，好像蓬草随风飘舞。这句话应是解释离开佳人的原因，同时流露出对所任差事的厌倦，暗含身世飘零的感慨。
全诗以心理活动为出发点，诗人的感受细腻而真切，将一段可意会不可言传的情感描绘得扑朔迷离而又入木三分。