这是一首性质类似无题的有题诗。意境扑朔迷离，托寓似有似无，比有些无题诗更费猜详。题内的“圣女祠”，或以为实指陈仓（今陕西宝鸡市东）的圣女神祠，或以为托喻女道士居住的道观。后一种说法可能比较接近实际。不过，诗中直接歌咏的还是一位“上清沦谪”的“圣女”以及她所居住的环境—圣女祠。因此，读者首先仍不妨从诗人所描绘的直接形象入手来理解诗意。
古代有不少关于天上神女谪降人间的传说，因此诗人很自然地由眼前这座幽寂的圣女祠生出类似的联想。“白石岩扉碧藓滋，上清沦谪得归迟。”—圣女祠前用白石建造的门扉旁已经长满了碧绿的苔藓，看来这位从上清洞府谪降到下界的圣女沦落在尘世已经很久了。首句写祠前即目所见，从“白石”、“碧藓”相映的景色中勾画出圣女所居的清幽寂寥，暗透其“上清沦谪”的身份和幽洁清丽的风神气质；门前碧藓滋生，暗示幽居独处，久无人迹，微逗“梦雨”一联，同时也暗寓“归迟”之意。次句是即目所见而引起的联想，正面揭出全篇主意。“沦谪得归迟”，是说沦谪下界，迟迟未能回归天上。
颔联从门前进而扩展到对整个圣女祠环境气氛的描绘—“一春梦雨常飘瓦，尽日灵风不满旗。”如丝春雨，悄然飘洒在屋瓦上，迷蒙飘忽，如梦似幻；习习灵风，轻轻吹拂着檐角的神旗，始终未能使它高高扬起。诗人所看到的，自然只是一段时间内的景象。但由于细雨轻风连绵不断的态势所造成的印象，竟仿佛感到它们“一春”常飘、“尽日”轻扬了。眼前的实景中融入了想象的成分，意境便显得更加悠远，诗人凝望时沉思冥想之状也就如在目前。单就写景状物来说，这一联已经极富神韵，有画笔难到之妙。不过，它更出色的地方恐怕还是意境的朦胧缥缈，能给人以丰富的联想与暗示。王若虚《滹南诗话》引萧闲语云：“盖雨之至细若有若无者，谓之梦。”这梦一般的细雨，本来就已经给人一种虚无缥缈、朦胧迷幻之感，再加上高唐神女朝云暮雨的故实，又赋予“梦雨”以爱情的暗示，因此，这“一春梦雨常飘瓦”的景象便不单纯是一种气氛渲染，而是多少带上了比兴象征的意味。它令人联想到，这位幽居独处、沦谪未归的圣女仿佛在爱情上有某种朦胧的期待和希望，而这种期待和希望又总是象梦一样的飘忽、渺茫。同样地，当读者们联系“何处西南待好风”（《无题二首》之一）、“安得好风吹汝来”（《留赠畏之》）一类诗句来细加体味，也会隐隐约约感到“尽日灵风不满旗”的描写中暗透出一种好风不满的遗憾和无所依托的幽怨。这种由缥缈之景、朦胧之情所融合成的幽渺迷蒙之境，极富象外之致，却又带有不确定的性质，略可意会，而难以言传。这是一种典型的朦胧美。尽管它不免给人以雾里看花之感，但对于诗人所要表现的特殊对象—一位本身就带有虚无缥缈气息的“圣女”来说，却又有其特具的和谐与适应。“神女生涯原是梦”（《无题二首》之二）。这梦一般的身姿面影、身世遭遇，梦一般的爱情期待和心灵叹息，似乎正需要这梦一样的氛围来表现。
颈联又由“沦谪”不归、幽寂无托的“圣女”，联想到处境与之不同的两位仙女。道书上说，萼绿华年约二十，上下青衣，颜色绝整，于晋穆帝升平三年夜降羊权家，从此经常往来，后授权尸解药引其升仙。杜兰香本是渔父在湘江岸边收养的弃婴，长大后有青童自天而降，携其升天而去。临上天时兰香对渔父说：“我仙女也，有过谪人间，今去矣。”来无定所，踪迹飘忽不定，说明并非“沦谪”尘世，困守一地；去未移时，说明终归仙界，而不同于圣女之迟迟未归。颔、颈两联，一用烘托，一用反衬，将“圣女”沦谪不归、长守幽寂之境的身世遭遇从不同的侧面成功地表现出来了。
“玉郎会此通仙籍，忆向天阶问紫芝。”玉郎，是天上掌管神仙名册的仙官。通仙籍，指登仙界的资格（古称登第入仕为通籍）。尾联又从圣女眼前沦谪不归的处境转想她从前的情况，“忆”字贯通上下两句。意思是说，遥想从前，职掌仙籍的玉郎仙官曾经与圣女相会，帮助她登上仙界，那时的圣女曾在天宫的台阶上采取紫芝，过着悠闲自在的仙界生活，而此时却沦谪尘世，凄寂无托，不能不慨然。一结以“忆”字唤起今昔之感，不言而黯然神伤。“天阶问紫芝”与“岩扉碧藓滋”正构成天上人间的鲜明对照。
这首诗成功地塑造了一位沦谪不归、幽居无托的圣女形象。有的研究者认为诗人是托圣女以自寓，有的则认为是托圣女以写女冠。实际上圣女、女冠、作者，不妨说是三位而一体：明赋圣女，实咏女冠，而诗人自己的“沦谪归迟”之情也就借圣女形象隐隐传出。所谓“圣女祠”，大约就是女道观的异名，这从七律《圣女祠》中看得相当清楚。所不同的，只是《圣女祠》借咏圣女而寄作者爱情方面的幽渺之思，而《重过圣女祠》则借咏圣女而寄其身世沉沦之慨罢了。清人钱泳评“梦雨”一联道：“作缥缈幽冥之语，而气息自沉，故非鬼派”（《履园谭诗》）。由于其中融合了诗人自己遇合如梦、无所依托的人生体验，诗歌的意境才能在缥缈中显出沉郁。尾联在回顾往昔中所透露的人间天上之感，也隐然有诗人的今昔之感寄寓在里面。
首联紧扣题中“遇”字。“已过才追问”，直接切入路遇情境，起笔简洁省净。沈德潜赞赏说：“起语得神，与‘乍见翻疑梦’同妙。”但同妙并不同工。“乍见翻疑梦”写一照面的心理活动，是凝定的场景。“已过才追问”写的是“乍见”后的下意识反应，仿佛流动的镜头。两句都表现久失消息，不期而遇的疑惑。前者直接道出，是确信后的不敢相信；后者却通过“追问”的动作蕴含其中——恍然面熟，但犹疑不定，需“追问”才能确认。故下句递接“相看是故人”，上前仔细打量，原来真的是老友。
既然是“故人”，如何见面竟难以确认了呢？颔联宕开一步，作了回答：“乱离何处见，消息苦难真”。这里“乱离”指明末清初的战乱。在动乱中分离之后，再无从相见，那偶或传来的消息也难辨真假。可以想见，频年兵戈，人的死伤误传，比比皆是。后面“惊魂”两字暗示，也许这消息里就有对方不测的说法。正是这“苦难真”的传说，才使作者有“已过才追问”的行为。动乱之中，自己身家性命已如累卵，却仍探问对方情况，一个“苦”字，道出了两人情谊的深厚。
颈联的“拭眼”，既是说擦去激动的泪水，又有重新拭目，再仔细相看的意思。乱世重逢的旧友，该有多少苦辣酸辛互相倾诉，但写去略而不及，只一个简单的动作，便将情感的无限波澜尽含其中，这就是所谓白描传神。一番问候后，擦净朦胧泪眼，望着眼前旧友，才彻底安下心来，所以说“惊魂定”。随后自然是庆幸，喜悦，当然要“衔杯笑语频”了。此处写由悲而喜，悲喜交加的情态极为生动，转换跳跃又极自然，具有对人生同类心态、行为普遍的概括性。但一次偶然相遇的“衔杯”，难以尽诉各自乱世遭际的感受；而且一旦分手，谁又能保不会再度失去对方呢？
“移家就吾住”——作者不由分说，要“旧友”索性搬来同住。难舍难分，正是重情重义的体现。更在这“旧友”的情义之中，作了别有深意的开掘。清王朝建立后，从明朝过来的许多人不仕清朝，称为“遗民”。本诗作于清顺治七年(1650)，此时吴梅村尚未被迫出仕，故以“遗民”自居。“白首两遗民”道出两人坚守“气节”的共同情操，从而使诗中表现的友情，蕴含了具有时代特征的人格气质。“两遗民”的“两”字除实指外，还包含着这样的潜台词：战乱中有多少旧侣亲朋死于刀兵，又有多少前代文臣武将摇变为新朝权贵。而他们两人幸存于劫后，那同气相求的友情不更以一种自豪自傲显得尤为珍贵吗？
浙江桐庐，地处富春江畔。富春江上风景如画，历代骚人墨客咏叹不绝，南朝梁吴均就曾在《与朱元思书》中写他自富阳至桐庐一百许里“从流飘荡”所见之奇山异水，赞为“天下独绝”。本词作者也是泛舟于这段行程，其所见当与吴均略同。然而他对富春江上的绮丽风光似乎视而未见，没有着力于山川景物的描绘，即景抒情，而是捕捉舟里舟外某些寻常事物构成意境，抒发自己对人生的感受和追求，既有诗情又具理趣，不落前人窠臼。
词的上片写行舟江上。“浮家不畏风兼浪”，交代此次江上行舟的境与情——虽风急浪涌，然而“不畏”，以此境此情统摄上片。惟其“不畏”，故有“才罢炊烟，又袅茶烟”的雅兴。“才罢”、“又袅”是说用餐、品茗紧相承续，这颇富雅趣的生活细节，十分传神的表现了作者从容之态、闲雅之情，而舟中不绝如缕的炊烟和茶烟，又似是作者怡然自乐的心绪的外化，情趣盎然。“闲对沙鸥枕手眠”，进一层绘出作者行舟中的恬然豁达之状。所谓“闲对沙鸥”，即寄“闲情”于沙鸥，让“闲情”与沙鸥一同翱游冥冥长空，又在沙鸥翱翔中玩味自己的“闲情”，作者在情与物的回环往复的交流中，化我为物，化物为我，乃至枕手而眠，沉入忘情之境。然而这一切都发生在“风兼浪”中，在风流中见“闲情”，益见其情之“闲”了。
晋人陶渊明在《饮酒》诗中曾抒写过自己的超然物外的人生感受：“结庐在人境，而无车马喧，问君何能尔？心远地自偏。”本词作者于此抒写的“闲情”，其实就是身在风浪中，心远风浪外的情怀，与陶渊明的感受应是相通的。
下片写泊舟江边，“晚来人静禽鱼聚”点出泊舟的时间和情境，总领下片。“月上”承“晚来”，“缆系”承“人静”。天上的明月，地上的大江，江边的山岩，岩边的小舟和谐地共存于宁静的夜晚，这真是一幅层次井然的立体画，一支诱人遐想的小夜曲，在“风兼浪”尚且陶醉，“闲情”的作者，此时自然会融化于这静谧的画图和柔美的乐曲中，而与“山影松声共一船”了。进入此种境界便是“于相而离相”、“于念而无念”，是非荣辱，利害得失都化作云烟消散了，从而获得了最大的精神自由。
吴均泛舟富春江上，徜徉奇山异水之中，曾不自禁地发出“望峰息心、”窥谷忘反”的感慨，本词作者在这首小令里写风流中的闲情和静境中的解脱，无“望峰窥谷”之举，却有“息心忘反”之念，而在“山影松声共一船”的境界里化自我于自然，已不止于“息心忘反”了，所以作者对精神的自由，和谐的追求，有似于吴均，亦有胜于吴均。这种情趣和倾向与封建时代求名干禄，纷纷攘攘的社会现实是对立的，大有“宁为宇宙闲吟客，怕作乾坤窃禄人”之意。
