这篇文章可分为两部分：前一部分描写莲花高洁的形象；第二部分则揭示了莲花的比喻义，分评三花，并以莲自况，抒发了作者内心深沉的慨叹。
首句“水陆草木之花，可爱者甚蕃。”选用“可爱”二字，包罗群芳，表明托物寄兴，并不刻意求工，极见其立言斟酌之妙。
接着叙说“晋陶渊明独爱菊”。陶渊明不肯为五斗米折腰，解绶归隐后，饮酒赋诗，安享“采菊东篱下，悠然见南山”的田园逸趣。“独爱菊”，显示渊明雅致芬芳，傲然物外的性格，而且更加明确了题意：陶渊明可以爱菊抒怀，我怎不可独爱莲呢？
继写“自李唐来，世人甚爱牡丹”，写了唐人，特别是统治阶层“甚爱牡丹”的好尚，这几句像是重复，但实为加深语意也，而且此句入文，让对比感更为强烈，为其求莲之高洁铺下了引子。大意是周敦颐本人独爱莲与晋陶渊明的爱菊避世不同，为保持一份高洁，宁愿终老南山。他要在尘世中当个出淤泥而不染的君子。这种在污世保持清白与独自避世求真的心态，与众人皆羡富贵的从众心态是有着思想境界上本质的区别的。这为爱莲说所要表达的“出淤泥而不染”作了最好的铺垫。
然后作者撇开一笔说，让那些人爱其所爱吧，“予独爱莲之出淤泥而不染，濯清涟而不妖，中通外直，不蔓不枝，香远益清，亭亭净植，可远观而不可亵玩焉”。这一连串铺叙，对莲花挺拔秀丽的芳姿，清逸超群的美德，特别是可敬而不可侮慢的嵚崎磊落的风范，作了有力的渲染。这几句隐喻作者本身具有“出淤泥而不染，濯清涟而不妖”的高尚品格。实际上，他说的意思就是：官场黑暗，要在官场上保持自己高洁的品格，就如同莲花出淤泥而不染那么难。这也是他为官的经验总结，因为他不想同流合污。而“濯清涟而不妖”，不过是作者的一种良好愿望罢了。他为官正直，数洗冤狱，为民作主；晚年定居庐山，著书明道，洁身自爱，颐养天年，便是身体力行，澹泊明志的体现。这正是这篇小品能给人思想情趣以深切感染的着力之处。
接下来，作者对三种花象征的不同性格进行了比较和品评：“予谓菊，花之隐逸者也；牡丹，花之富贵者也；莲，花之君子者也。”本来，花是不具备人格的，但在作者眼里，莲花近于菊，却不像菊那样清高冷傲，似乎是逃避现实的隐者；它更不像牡丹那样妍丽妖冶，以富贵媚人。莲花出于污浊现实而不受沾染，受清水洗濯而不显妖冶，实为百花丛中的贤君子。另外，莲花又是佛教中的圣物，如来、观音均以莲花为座。唐释道世《三宝敬佛》云：“故十方诸佛，同出于淤泥之浊；三身正觉，俱坐于莲台之上。”作者《题莲》诗也云：“佛爱我亦爱，清香蝶不偷。一般清意味，不上美人头。”与这篇小品参照，情趣相得益彰。
最后，作者评花进而对“爱”也作出评价：“噫！菊之爱，陶后鲜有闻；莲之爱，同予者何人？牡丹之爱，宜乎众矣！”深深地慨叹：当今之世真隐者少，有德者寡，而趋炎附势钻刺富贵之门的小人比比皆是；这莽莽红尘，能有几个志同道合的人，共同去根治这社会痼疾呢？这里先用花进行比喻，让花的特性喻人，虽平淡，但比喻帖切，然后借花喻人，将陶渊明的避世，世人皆追求荣华富贵的心态描写的淋漓尽致。言下虽不免流露出一种孤掌难鸣的哀怨，但意味深长，无情地鞭挞了那些寡廉鲜耻之徒。这里，周敦颐是高傲的，他那种不从众只求纯净的心态，在碌碌尘世中是难能可贵的。他感叹，是因为世风日下，大多数人皆被世事玷染。
作者通过对莲花的爱慕与礼赞，表明自己对美好理想的憧憬，对高尚情操的崇奉，对庸劣世态的憎恶。
二妃，即虞舜的两个妃子娥皇与女英。相传虞舜巡视南方，中途死于苍梧之野，遂葬在九嶷山。娥皇、女英起先没有随行，后来追到洞庭、湘水地区，得悉舜已去世，便南望痛哭，投水而殉。后人为祭祀她俩，特于湘水之侧建立了二妃庙(又称黄陵庙)。《方舆胜览》云:“黄陵庙在潭州湘阴北九十里。”这首诗歌颂了娥皇与女英对爱情的执著与忠贞不渝。
起句“朝云乱人目”乃是诗人登上二妃庙所见之景。太阳从东方冉冉升起，天边呈现出迷人的光彩，片片云霞犹如簇簇花团，奇诡变幻令人目不暇接。在“朝云”中，还含有宋玉《高唐赋》“旦为行云”之意，暗示了诗与男女之情有关。面对这一幅灿烂的晨景，诗人顿发奇想：这大概是“帝女湘川宿”的缘故吧。帝女，即指娥皇与女英，因她们是古帝唐尧的女儿，故有是称。这开端两句，诗人将奇丽的景致与奇特的传说结合起来，给全诗蒙上了一层神秘的色彩，一下子就攫住了读者的心。
“折菡巫山下，采荇洞庭腹”两句承“帝女”而来，写二妃对舜的那一份迷恋眷念之情。她俩或折菡萏于巫山之下，或采荇菜于洞庭之中，既以慰解缠绵不尽的相思，亦以表达对夫妇合好的向往。菡，即荷花，荷花之实为莲子，莲子谐音为“怜子”,故被古人视作多情之物。荇，生在水上的一种植物,《诗经·周南·关雎》云:“参差荇菜，左右采之。窈窕淑女，琴瑟友之。”所以荇菜也是淑女的代称。巫山、洞庭，自古便是相思之地，诗人遥想二妃追赶舜到达此地，念及将与他团聚欢会，心中正是万般喜悦。那莲子和荇菜，不正代表了她们盼望得到夫君爱怜的心声吗？
“故以轻薄好，千里命舻舳”，这二句是追述，把二妃的深情再深写了一步。折菡采荇，这一番痴情已足令人感叹了，但更令人感动的是，她们这番前来，是千里迢迢、从风波浪尖中闯过来的。轻薄，原是放荡之意，但这里是说二妃追赶夫君的意志十分坚决、一旦决定就不可收回。舻舳，船头船尾，这里代指船。二句中值得注目的是一个“故”字，有此一字，便足见得这两位弱女子的千里远行，是完全自愿的，也是完全知道前程险难的，唯因如此，她们的举动也更加感人至深了。
怀着如此的痴情，经过了如此的艰程，终于与夫君相去不远了。然而，等待她们的又是什么呢？“何事非相思，江上葳蕤竹”,在诗的结尾，诗人并不直接回答这个问题，也没有继续在这个古老传说中沉浸下去，而是笔锋呼应首联，又转回到现实中来。站在二妃庙前，诗人向四周举目远望，只见眼前的景物似乎都弥漫着一层二妃对舜的相思之情，尤其是江边一片片的翠竹，枝干斑斑点点，仿佛是浸透了二妃的相思之泪。葳蕤，纷多貌。据《述异记》记载，二妃在湘水之旁痛哭舜亡，泪下沾竹，竹纹悉为之斑，故湘竹又称湘妃竹。最后一句，诗人没有直说二妃的殉情，而是采用了以景结情的手法，把情渗透到景中，以泪竹披纷无限的画面，来透露二妃永无穷止的情思、绵绵不尽的长恨，以及自己对二妃不幸遭遇的感伤，使全诗起到了“含不尽之意见于言外”的艺术效果。
这首登临凭吊之作，将动人的传说、眼前的景物和诗人自己的心情熔于一炉，情思绵邈深挚，笔调清雅明畅，特别是结尾的截情入景，使全诗显得空灵含蓄，当真是神来之妙笔。篇末有此奇峰，全诗的意境亦为之拓深了许多。
此诗开头两句：“塔势如涌出，孤高耸天宫。”自下而上仰望，只见巍然高耸的宝塔拔地而起，仿佛从地下涌出，傲然耸立，直达天宫。用一“涌”字，增强了诗的动势，既勾勒出了宝塔孤高危耸之貌，又给宝塔注入了生机，将塔势表现得极其壮观生动。
接下去四句：“登临出世界，磴道盘虚空。突兀压神州，峥嵘如鬼工。”写登临所见、所感，到了塔身，拾级而上，如同走进广阔无垠的宇宙，蜿蜒的石阶，盘旋而上，直达天穹。此时再看宝塔，突兀耸立，如神工鬼斧，简直不敢相信人力所及。慈恩寺塔，不仅雄伟，而且精妙。
再下去四句：“四角碍白日，七层摩苍穹。下窥指高鸟，俯听闻惊风。”写登上塔顶所见，极力夸张塔体之高，摩天蔽日，与天齐眉，低头下望，鸟在眼下，风在脚下。这鸟和风，从地面上看，本是高空之物，而从塔上看，就成了低处之景，反衬宝塔其高无比。
下面八句，以排比句式依次描写东南西北四方景色。“连山若波涛，奔凑似朝东。”描绘东面山景，连绵起伏，如滚滚巨浪；“青槐夹驰道，宫馆何玲珑。”状摹南面宫苑，青槐葱翠，宫室密布，金碧交辉；“秋色从西来，苍然满关中。”刻写西面秋色，金风习习，满目萧然，透着肃杀之气；“五陵北原上，万古青濛濛。”写北边陵园，渭水北岸，座立着长陵、安陵、阳陵、茂陵、平陵，它们是前汉高帝、惠帝、文帝、景帝、武帝五位君王的陵墓。当年，他们创基立业，轰轰烈烈，如今却默然地安息在青松之下。诗人对四方之景的描绘，从威壮到伟丽，从苍凉到空茫，景中有情，也寄托着诗人对大唐王朝由盛而衰的忧思。
末了四句，“净理了可悟，胜因夙所宗。誓将挂冠去，觉道资无穷。”诗人想辞官事佛，此时，岑参得知，前方主将高仙芝出征大食，遭遇挫折；当朝皇帝唐玄宗，年老昏聩；朝廷之内，外戚宦官等祸国殃民；各方藩镇如安禄山、史思明等图谋不轨，真可谓“苍然满关中”，一片昏暗。诗人心中惆怅，认为佛家清净之理能使人彻悟，殊妙的善因又是自己向来的信奉，因此想学逢萌，及早挂冠而去，去追求无穷无尽的大觉之道。