这是一首性质类似无题的有题诗。意境扑朔迷离，托寓似有似无，比有些无题诗更费猜详。题内的“圣女祠”，或以为实指陈仓（今陕西宝鸡市东）的圣女神祠，或以为托喻女道士居住的道观。后一种说法可能比较接近实际。不过，诗中直接歌咏的还是一位“上清沦谪”的“圣女”以及她所居住的环境—圣女祠。因此，读者首先仍不妨从诗人所描绘的直接形象入手来理解诗意。
古代有不少关于天上神女谪降人间的传说，因此诗人很自然地由眼前这座幽寂的圣女祠生出类似的联想。“白石岩扉碧藓滋，上清沦谪得归迟。”—圣女祠前用白石建造的门扉旁已经长满了碧绿的苔藓，看来这位从上清洞府谪降到下界的圣女沦落在尘世已经很久了。首句写祠前即目所见，从“白石”、“碧藓”相映的景色中勾画出圣女所居的清幽寂寥，暗透其“上清沦谪”的身份和幽洁清丽的风神气质；门前碧藓滋生，暗示幽居独处，久无人迹，微逗“梦雨”一联，同时也暗寓“归迟”之意。次句是即目所见而引起的联想，正面揭出全篇主意。“沦谪得归迟”，是说沦谪下界，迟迟未能回归天上。
颔联从门前进而扩展到对整个圣女祠环境气氛的描绘—“一春梦雨常飘瓦，尽日灵风不满旗。”如丝春雨，悄然飘洒在屋瓦上，迷蒙飘忽，如梦似幻；习习灵风，轻轻吹拂着檐角的神旗，始终未能使它高高扬起。诗人所看到的，自然只是一段时间内的景象。但由于细雨轻风连绵不断的态势所造成的印象，竟仿佛感到它们“一春”常飘、“尽日”轻扬了。眼前的实景中融入了想象的成分，意境便显得更加悠远，诗人凝望时沉思冥想之状也就如在目前。单就写景状物来说，这一联已经极富神韵，有画笔难到之妙。不过，它更出色的地方恐怕还是意境的朦胧缥缈，能给人以丰富的联想与暗示。王若虚《滹南诗话》引萧闲语云：“盖雨之至细若有若无者，谓之梦。”这梦一般的细雨，本来就已经给人一种虚无缥缈、朦胧迷幻之感，再加上高唐神女朝云暮雨的故实，又赋予“梦雨”以爱情的暗示，因此，这“一春梦雨常飘瓦”的景象便不单纯是一种气氛渲染，而是多少带上了比兴象征的意味。它令人联想到，这位幽居独处、沦谪未归的圣女仿佛在爱情上有某种朦胧的期待和希望，而这种期待和希望又总是象梦一样的飘忽、渺茫。同样地，当读者们联系“何处西南待好风”（《无题二首》之一）、“安得好风吹汝来”（《留赠畏之》）一类诗句来细加体味，也会隐隐约约感到“尽日灵风不满旗”的描写中暗透出一种好风不满的遗憾和无所依托的幽怨。这种由缥缈之景、朦胧之情所融合成的幽渺迷蒙之境，极富象外之致，却又带有不确定的性质，略可意会，而难以言传。这是一种典型的朦胧美。尽管它不免给人以雾里看花之感，但对于诗人所要表现的特殊对象—一位本身就带有虚无缥缈气息的“圣女”来说，却又有其特具的和谐与适应。“神女生涯原是梦”（《无题二首》之二）。这梦一般的身姿面影、身世遭遇，梦一般的爱情期待和心灵叹息，似乎正需要这梦一样的氛围来表现。
颈联又由“沦谪”不归、幽寂无托的“圣女”，联想到处境与之不同的两位仙女。道书上说，萼绿华年约二十，上下青衣，颜色绝整，于晋穆帝升平三年夜降羊权家，从此经常往来，后授权尸解药引其升仙。杜兰香本是渔父在湘江岸边收养的弃婴，长大后有青童自天而降，携其升天而去。临上天时兰香对渔父说：“我仙女也，有过谪人间，今去矣。”来无定所，踪迹飘忽不定，说明并非“沦谪”尘世，困守一地；去未移时，说明终归仙界，而不同于圣女之迟迟未归。颔、颈两联，一用烘托，一用反衬，将“圣女”沦谪不归、长守幽寂之境的身世遭遇从不同的侧面成功地表现出来了。
“玉郎会此通仙籍，忆向天阶问紫芝。”玉郎，是天上掌管神仙名册的仙官。通仙籍，指登仙界的资格（古称登第入仕为通籍）。尾联又从圣女眼前沦谪不归的处境转想她从前的情况，“忆”字贯通上下两句。意思是说，遥想从前，职掌仙籍的玉郎仙官曾经与圣女相会，帮助她登上仙界，那时的圣女曾在天宫的台阶上采取紫芝，过着悠闲自在的仙界生活，而此时却沦谪尘世，凄寂无托，不能不慨然。一结以“忆”字唤起今昔之感，不言而黯然神伤。“天阶问紫芝”与“岩扉碧藓滋”正构成天上人间的鲜明对照。
这首诗成功地塑造了一位沦谪不归、幽居无托的圣女形象。有的研究者认为诗人是托圣女以自寓，有的则认为是托圣女以写女冠。实际上圣女、女冠、作者，不妨说是三位而一体：明赋圣女，实咏女冠，而诗人自己的“沦谪归迟”之情也就借圣女形象隐隐传出。所谓“圣女祠”，大约就是女道观的异名，这从七律《圣女祠》中看得相当清楚。所不同的，只是《圣女祠》借咏圣女而寄作者爱情方面的幽渺之思，而《重过圣女祠》则借咏圣女而寄其身世沉沦之慨罢了。清人钱泳评“梦雨”一联道：“作缥缈幽冥之语，而气息自沉，故非鬼派”（《履园谭诗》）。由于其中融合了诗人自己遇合如梦、无所依托的人生体验，诗歌的意境才能在缥缈中显出沉郁。尾联在回顾往昔中所透露的人间天上之感，也隐然有诗人的今昔之感寄寓在里面。
首联两句，直写诗人隐居之乐。陶渊明《读山海经》诗云：“孟夏草木长，绕屋弄扶疏。众鸟欣有托，吾亦爱吾庐。”此处“竹树绕吾庐”句，即用其意。虽然从字面上看，只是描述诗人居所的环境，但却透出一种自得欣愉之情。“清深趣有余”为全诗主旨所在。“清深”二字，既指竹树围绕居所那种清幽深静的环境，也指隐居生活之趣的性质。可以联想到杜甫《江村》：“清江一曲抱村流，长夏江村事事幽”。首联两句，实已奠定了全诗的基调。
颔联、颈联便具体写清深之趣。“鹤闲临水久，蜂懒采花疏”两句为物趣：白鹤久久地立于水中，一动不动，似乎也在享受着一份悠闲；蜜蜂则驻足花上，并不穿梭往来，仿佛是有意疏懒。两句虽是写物，却带有诗人明显的主观色彩，所谓鹤闲蜂懒，其实都是诗人的主观感受。正因为诗人的隐居生活是那样的闲适自在。所以在诗人眼中，一切景物便都带有悠然自得的特征。然而，这种主观色彩的渗入又未改变景物的客观形态，即是说，在诗人笔下，景物描写仍是白描，而不同于变形、夸张。对于形成平淡自然、清幽静远的诗风，此种手法有着直接的作用。“酒病妨开卷，春阴入荷锄”转写人事之趣。诗人酒醒之后，仍觉酒意未去，头脑昏沉，恹恹如病，欲读书而不能。于是荷锄下田，做一些农活，而春日的树荫恰好挡住了太阳，别有一番情趣。本来，酒病而妨开卷，是件令人不快的事，但是人林逋既以隐居自乐，则读书并非每日必修的功课，更不是博取功名的手段。读书对于他，只是一种消遣，一种兴之所致的娱情悦志的方式，恰如陶渊明之“既耕且已种，时还读我书”；“泛览周王传，流观山海图。”所以，酒病碍于开卷，却不妨荷锄而作，同样可以得隐居闲适之趣。尤其当春日树荫仿佛有意移向诗人劳作的地方时，这种闲适之趣、田园之乐就更为明显，真正是“清深趣有余”。
尾联“尝怜古图画，多半写樵渔”，则是借写诗人喜爱古代描绘渔樵生活的图画来说明此种清深之趣与古人相同。古代的高士图、隐居图，多撷取这些高人隐士渔樵生活的场面，以表现他们远离世俗，恬淡自适。诗人说他喜爱这类图画，其实是想说他目前的隐居生活恰与古代的高人隐士相同，一样可以写入画中。诗人不便直说他的行迹心境可以媲美古人，那样会有自诩之嫌，而如此表述，则意在言外，既表明了诗人对古人的思幕，又道出了诗人对隐居生活的满足，同时还使诗歌在结构上富于变化，耐人寻味。
此诗受陶渊明的影响较深，或是一首拟陶之作。若论质而自然，此诗有所不及，但诗境、旨趣，颇为相近。
全诗以向人夸赞的口吻，新颖的笔姿，轻松的情调，清淡的语句，写隐逸高趣，和谐而又完美。有一种“咏之令人忘百事”（梅尧臣语）的艺术魅力。
修道的人一般讲求修心养性，与世无争。也讲因果循环，众生平等。这首作品里也有这样的观点出现。可能这正是作者隐居前最后对红尘的回顾，里面还有看破尘世的意思。
像许多隐士一样，诗人也曾远足游历，因此寻到了心中理想的隐居地点，这可能是武当山，又可能是华山。武当山是道教名山，华山上也有道观。深山历来为修道者的所爱，因为山中就连四时也不于山外的相同，有安静的环境，又有简朴的生活必需品，如山泉、野蘑菇、山野菜、古刹遗迹也是山林里保存的最好。因此诗里最后也表示诗人最终还是要回归山林，隐居起来的。这有他自身的原因，也有时代的印记。
说他看破红尘，其实在第一句里“十年踪迹走红尘，回首青山入梦频”中就点明了。后面的两句可以说是对这一句的补充说明，最后则是对立志归隐修道的表白。红尘游遍，唯有青山是最向往的，说明对诗人来说俗事已经是如过眼云烟般了，诗人通过十年的磨砺，终究决定归隐修道，这除了消沉，还有一种独特的清醒。这从后面对选择归隐的解释“紫绶纵荣怎及睡，朱门虽富不如贫。愁闻剑戟扶危主，闷听笙歌聒醉人”中可以领会到。说诗人隐居有时代因素，也是因为这两句中还有对世事的一些批评。最后表露出的对自然的欣赏和喜爱似乎说明了他并非不爱热闹，繁华的世间，只不过逃避的是不该有的战乱和人祸罢了。大自然的生机正是诗人向往的，他要远离的是腐败和颓废的环境。所以诗里就有“野花鸣鸟一般春”这样的句子。与其说诗人想弃世，不如说诗人是想洗刷自己的思想，用朴素的生活历练自己，以达到修道的本来目的。