此诗的主旨，由于诗的境界的空泛性和意象的可塑性，对其内涵可以有不同的开掘和把握。《毛诗序》“乐育材”说流传二千多年，影响至巨。连批评《毛诗序》全失诗意的朱子，在其《白鹿洞赋》中，亦有“广‘青衿’之疑问，乐《菁莪》之长育”的句子。此所谓习用典记，约定俗成者也。对诗的主题，不同的理解可以并存，似不必存此没彼。这首诗的主题，爱情说更有道理，证据之一是人们公认《小雅》中典型描写男女相悦之情的《小雅·隰桑》篇，同《小雅·菁菁者莪》不论章法、句式都非常相似；前三章中“既见君子”句式一般无二，第四章都变换声调，各自成章。
此诗前三章都以“菁菁者莪”起兴，也可以理解成记实，然不必过于拘泥，因“在彼中阿”、“在彼中沚”、“在彼中陵”的植物，除了“莪”，当然还有很多，举一概之而已。第一章，女子在莪蒿茂盛的山坳里，邂逅了一位性格开朗活泼、仪态落落大方、举止从容潇洒的男子，两人一见钟情，在女子内心深处引起了强烈震颤。第二章写两人又一次在水中沙洲上相遇，作者用一个“喜”字写怀春少女既惊又喜的微妙心理。第三章，两人见面的地点从绿荫覆盖的山坳、水光萦绕的小洲转到了阳光明媚的山丘上，暗示了两人关系的渐趋明朗化。“锡我百朋”一句，写女子见到君子后，因获得厚赐而不胜欣喜。第四章笔锋一转，以“泛泛杨舟”起兴，象征两人在人生长河中同舟共济、同甘共苦的誓愿。不管生活有顺境，有逆境，只要时时有恋人相伴，女子永远觉得幸福。
这首诗虽然只有短短十六句，但把一个美妙动人的爱情故事表现得引人入胜。和《秦风·蒹葭》相比，《蒹葭》在水乡泽国的氛围中有一缕渺远空灵、柔婉缠绵的哀怨之情，把一腔执着、艰难寻求但始终无法实现的惆怅之情，寄托于一派清虚旷远、烟水濛濛的凄清秋色之中。而《菁菁者莪》处处烘托着清朗明丽的山光和灵秀迷人的水色，青幽的山坡，静谧的水洲，另是一番情致。两首诗可谓珠联璧合，各有千秋。
诗虽然是率然成章，不像梅尧臣大多数作品经过苦吟雕琢，但诗风仍以闲远洗练为特色，尤多波折。全诗分五层写，中间多转折。首四句直写河豚鱼，即一般咏物诗的着题。诗说当春天小洲上生出荻芽，两岸柳树飘飞着柳絮时，河豚上市了，十分名贵。这四句诗，一向被人称道。一是由于起二句写景很得神似，而又以物候暗示河豚上市的时间；二是接二句明写，而以鱼虾为衬，说出河豚的价值。这样开篇，四平八稳，面面俱到。欧阳修分析说：“河豚常出于春末，群游而上，食絮而肥，南人多与荻芽为羹，云最美。故知诗者谓只破题两句，豚道尽河豚好处。”陈衍《宋诗精华录》也说这四句极佳。不过，也有人指出，河豚上市在早春，二月以后就贱了，“至柳絮时，鱼豚过矣”（宋孔毅父《杂记》）。宋叶梦得《石林诗话》对此又反驳说，待柳絮飞时江西人才吃河豚，梅诗并不错。略去事实不谈，可见这首诗在当时及后世影响都很大。此诗开篇很好，欧阳修曾说：“故知诗者诵止破题两句，豚道尽何豚好处。”（《六一诗话》）
以下八句忽作疑惧之词，为一转折。“其状豚可怪，其毒亦莫加”，二句先总括。以下再分说其“怪”与“毒”。河豚之腹较其他鱼大，有气囊，能吸气膨胀，眼镜突出，靠近头顶，故形状古怪。诗人又加夸张，称其“腹若封豕（大猪）”、“目犹吴蛙（大蛙）”，加之“忿”、“怒”的形容，河豚的面目可憎也就无以复加了。而更为可畏的是，河豚的肝脏、生殖腺及血液含有毒素，假如处理不慎，食用后会很快中毒丧生。诗人用“入喉为镆铘（利剑）”作比喻，更为惊心动魄。诗人认为，要享用如此美味，得冒生命危险，是不值得的。“若此丧躯体，何须资齿牙”二句对河豚是力贬。
但是，怕死就尝不着河豚的美味，而尝过河豚美味的人，则大有不怕死的人在。“持问南方人”以下，写自己与客人的辩驳。河豚既然这么毒，不应该去吃，可是问南方人，却说它的味道鲜美，闭口不谈它能毒死人的事。对此，作者发出了感叹。诗先引了韩愈在潮州见人吃蛇及柳宗元在柳州吃虾蟆的事作一跌，说似乎任何可怕的东西，习惯了也不可怕。在举了蛇及虾蟆，呼应了前面的“怪”字后，诗进一步呼应“毒”字，说蛇及虾蟆虽怪，但吃了对人没有妨害，而河豚则不然，“中藏祸无涯”。最后，作者得出结论：河豚鱼味很美，正如《左传》所说“甚美必有甚恶”，人们难道能不警惕吗？这样评论，表面上是揭示人们为求味道的适口而视生命不顾，取小失大；如果联系现实生活的各方面来看，是在讽刺人世间为了名利而不顾生命与气节的人。
从“我语不能屈”句至篇终均写作者的反省。这部分可分两层。诗人先征引古人改易食性的故事，二事皆据韩愈诗。韩愈谪潮州，有《初南食贻元十八协律》诗说：“唯蛇旧所识，实惮口眼狞。开笼听其去，郁屈尚不平。”柳宗元谪柳州，韩愈有《答柳柳州食虾蟆》诗说：“余初不下喉，近亦能稍稍，……而君复何为，甘食比豢豹。”诗人综此二事，说可憎如“笼蛇”、“虾蟆”，亦能由“始惮”至于“甘食”，所以食河豚也是无可厚非。然而他又想到蛇与虾蟆虽形态丑恶，吃它们终究于性命无危害，不像河豚那样“中藏祸无涯”。联系上文，河豚的味道“美无度”，又是蛇与虾蟆所不可企及的。
“美无度”，又“祸无涯”，河豚正是一个将极美与极恶合二而一的奇特的统一体。于是诗人又想起《左传》的一个警句：“甚美必有甚恶。”他认为以此来评价河豚，是再恰当不过的了。
欧阳修说：“诗作于樽俎之间，笔力雄赡，顷刻而成，遂为绝唱。”《历代诗话》卷五十六载，刘原父因梅尧臣作这首诗，认为可称他为“梅河豚”。梅尧臣的诗力求风格平淡，状物鲜明，含意深远。欧阳修在《书梅圣俞稿后》说他“长于体人情，状风物，英华雅正，变态百出”，这首诗正符合这一评价。梅尧臣处在西昆体诗统治诗坛的年代，他反对堆砌词藻典故，主张学习风雅，提倡诗歌将下情上达、美刺时政，写了不少反映下层生活的诗。这首写河豚的诗，也是通过咏河豚，隐讽社会，所以被当作梅尧臣的代表作之一。欧阳修是梅尧臣的知己，清代姚莹《论诗绝句》有“宛陵知己有庐陵”句。欧阳修作诗学韩愈，喜发议论，杂以散文笔法，梅尧臣这首诗也带有这些特点，所以被欧阳修推为“绝唱”。欧阳修还在《书梅圣俞河豚诗后》说：“余每体中不康，诵之数过，辄佳。”还多次亲笔抄写这首诗送给别人。
首二句极写楚都之荒凉。想当年楚地何等博大，楚都何等繁华，楚之君臣何等威赫，而今却“丘坟满目衣冠尽，城阙连云草树荒。”衬映这古城阙的却只是这连片的坟墓、无边的荒草和野树。这一苍茫的历史感慨不少诗人描写过，李白“吴宫花草埋出径，晋代衣冠成古丘”（《登金陵风凰台》）便是典型一例：但在韩愈却有独到喟叹，也直谏获罪，几临杀头，死亡之念时刻袭上心头，拂逆不去。刚出京，便瞩远来的侄孙准备收拾自己的骨殖：“知汝远来应有意，好收吾骨瘴江边”（《左迁至蓝关示侄孙湘），商山道上，不堪惊吓与劳顿的幼女又死了。因而，首句取丘坟这一阴森凄冷的意象，是在吊古的情怀中裹掖着现实的困惑，自伤的意味。丘坟满目，是眼前近景，城阙连云，是辽阔远景，是茫茫宇宙空间，衣冠尽，却是心中情，是感喟，是浓缩的历史的情绪化表现。宋苏轼“大江东去，浪淘尽千古风流人物”（《念奴娇·乔壁怀古》）造意与此相似，只是取象不同。韩愈在即目所见的空间中看出严峻的时间性，看出人生的短暂与飘忽。历史千载，唯留丘坟。那当年的君臣士大夫都带着他们的功业和追求，走向默默无闻的寂寞，进入无边的荒凉，为这荒草野树所遮掩。这是多么令人脊冷心寒的。而诗人想到自己为了信仰抗颜犯谏，受尽磨难，走向遥遥贬途，将来又什么都不能留下，找不到未来的寄托。字里行间表达了苦涩的悲凉茫然的心绪，感受到那空荡荡没有着落的傍徨情态。城阙连云，从艺术手法看，是小景物作了大景物的坐标，使眼前景更趋逼真贴切，但从感情脉络看，目极天地，正是困惑苦闷的心绪寻求解脱与寄托的寻觅求索。
这时，仿佛万籁静寂中一声鸡啼，郁闷窒息中一股凉风，诗人惊喜地发现了一座祠庙： “犹有国人怀旧德，一间茅屋祭昭王。”他急急上前问询，方知“旧庙屋极宏盛，今惟草屋一区，然问左侧人，尚云每岁十月，民相率聚祭其前”。虽一草苴茅屋，诗人却如获得了极大的慰安而心花怒放了。楚昭王当年曾击退吴国入侵，收复失土，这一功德千百年后仍为人所缅怀，享受祭祀。而自己“欲为圣朝除弊事”之举正是为天下人民免除愚昧和苦难，显然，诗人从茅屋祀昭王中悟出了事业的真谛、生命的价值与归宿。初起的彷徨悲凉为之一变，恢复了自信，增强了九死不悔的决心。
整首诗写出荒凉的感觉而又意味深长。其中“城阙连云”是想象之境，想象昔年楚国盛世，而今却只剩下“草树荒”；末尾“一问茅屋”四字，更极尽盛衰之慨。然而屋宇虽小，后人追缅情怀并未衰绝。末句颇有风致。抚今追昔，再亲临其地凭吊，恐怕更别有一番况味了。